Problemi kryesor i ligjit të miratuar ka të bëjë me shkeljen e parimit kryesor të sektorit, atij jo-për-përfitim, i cili thotë se të gjitha të ardhurat dhe pasuritë e OJQ-së duhet të shfrytëzohen vetëm për përmbushjen e misionit të organizatës. Në kundërshtim me këtë parim, dispozitat e ndryshuara lejojnë që pasuria e një OJQ-je pas shuarjes të mund të transferohet edhe te institucionet tjera, përfshirë bizneset private. Përtej mundësisë së tjetërsimit të pasurive të OJQ-ve në sektor privat, nëse nuk ndryshohet, kjo dispozitë do t’i parandalojë donatorët nga garancionet e domosdoshme ligjore që donacionet e tyre do të përdoren për qëllimet jo për përfitim. Dispozita e re gjithashtu është në kundërshtim me Aktgjykimin e Gjykatës Kushtetuese KO 97/12 për Ligjin për Bankat, lidhur me nismën për lejimin e transformimit të OJQ-ve mikrofinanciare

Gjithashtu, mjaft problematike është edhe ndryshimi i bazës së shuarjes së OJQ-së nga jo-solvente në jo-aktive. Jo-solvenca është pa-aftësia për të paguar, ndërsa jo-aktiviteti është koncept jo-financiar, që nuk definohet as në legjislacionin kosovar e as në praktikën ndërkombëtare.
Interpretimi i jo-aktivitetit si bazë për shuarje krijon mundësi të drejtpërdrejtë për vendime arbitrare në raport me shuarjen e OJQ-ve dhe rrezikon të drejtën kushtetuese të lirisë së asocimit.

Problemet tjera kanë të bëjnë kryesisht me vështirësimin e themelimit dhe regjistrimit të OJQ-ve dhe cënimin e Statusit për Përfitim Publik.

Organizatat e shoqërisë civile kërkojnë nga Komisioni Parlamentar për Administratë Publike, respektivisht Kuvendi i Kosovës që Ligjin për OJQ ta aprovojnë sipas kërkesave të shoqërisë civile, respektivisht amendamenteve të propozuara nga Zyra e Presidencës.